肾结石的症状取决于结石的大小，引起梗阻的程度和有无继发感染。在肾孟中不活的结石而又无感染时，可长期无症状，甚至结石已引起肾功能不足时还无自觉症状，只在摄腹部X线照片时偶然发现。但大多数患者有症状。
疼痛和血尿是肾结石的主要症状。约75%肾结石患者有腰痛。结石较大，在肾盂中移动度较小时，疼痛多为钝痛，有时是隐痛。结石小，在肾盂内移动度大时。容易引起肾盂输尿管联接部的梗阻而出现肾绞痛。肾绞痛是一种突然发生的严重疼痛，从腰部开始，沿输尿管向下放射至膀胱。痛呈阵发性，一般持续数分钟，亦可长达数小时，并有恶心呕吐，有时病人面色苍白，大汗淋漓，呈虚脱状态。
血尿是第二个重要症状，疼痛和血尿相继出现是肾和输尿管结石的特点；尤其是体力活动较多时，如劳动、运动、骑马和乘车时突然发生疼痛和血尿。但血尿一般较轻，有时肉眼不能看出，但几乎每个病例都能在显微镜下见到从少数到多数红细胞，因此尿的显微镜检查很重要。
一部分患者在临床上并无结石病的典型疼痛及血尿，而因泌尿系感染的症状就医。在这一类患者中如不追究引起感染的原发病因，不做泌尿系平片及静脉泌尿系X线造影检查，就容易忽略结石的存在。
肾结石患者偶有排出结石或小砂粒的病史，这就有助于诊断。双侧肾结石引起梗阻或患者唯一的肾(例如另一肾已切除)发生梗阻，可出现急性无尿。有时由于肾一肾反射，一例肾结石可引起对侧腰痛。单侧肾结石梗阻也可以引起急性无尿。
肾结石如不因梗阻引起肾积水或发生继发感染时，体格检查可能出现肾区叩击痛亦可无异常所见。
专家提醒：如果你有下列症状，请及去上医院检查就诊：
阵阵刺疼，从侧部开始向腹股沟移动。
反胃并呕吐、多汗。
尿中带血。
如果同时伴有感染会有以下附加症状：
发烧并感到寒冷。
频繁小便。
排尿痛苦，尿液混浊，有异味。
腰部或腹部的阵发性锐痛，这种疼痛也可能是其他严重疾病的征象，如胆石症，盆腔炎性疾病或肠梗阻。
你正在经历排尿痛或排尿困难，这也可能预示着胆囊炎、性传播疾病、阴道疾病、胆囊或前列腺肿瘤，应立即就医。
你发现肉眼血尿，这可能也预示着肾脏疾病、膀胱或胃脏肿瘤、或泌尿系或前列腺炎症(见前列腺疾患)，应立即就医。
小便发灰并带有恶臭。
